Il peut arriver certaines fois que vous installiez des programmes différents qui remplissent les mêmes fonctions. Prenons par exemple Java, vous pouvez avoir différentes versions. Je prends ce cas car je viens d'y être confronté en lançant une application. Celle-ci plantait.
# java -version
java version "1.5.0"
gij (GNU libgcj) version 4.3.2

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A priori, il fallait absolument faire tourner l'application avec le java de chez Sun.

Je savais qu'il était installé mais à priori, je ne pointais pas dessus par défaut.
Un des moyens de configurer cela est de lancer la commande updates-alternatives avec le paramètre config et le nom du lien(ici java) :

# update-alternatives --config java

Il y a 3 alternatives fournissant « java ».

  Sélection    Alternative
-----------------------------------------------
          1    /usr/bin/gij-4.3
*+        2    /usr/lib/jvm/java-gcj/jre/bin/java
          3    /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java

Appuyez sur Entrée pour conserver la valeur par défaut[*] ou choisissez le numéro sélectionné : 3

On s'aperçoit ici qu'il existe 3 possibilités pour lancer java. On vous demande alors de choisir la version. Ici j'ai indiqué la version java de Sun.

Pour vérifier que tout a été bien configuré, je peux refaire :
# java -version
java version "1.6.0_12"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_12-b04)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 11.2-b01, mixed mode)

Après cela, j'ai pu lancer mon application et tout fonctionnait parfaitement.
Le répertoire /etc/alternatives contient les liens symboliques de certaines commandes répertoriées par update-alternatives.
Pour plus d'informations, consulter le man.